El Sr. Raisi falleció en un accidente de helicóptero en una zona montañosa del noroeste de Irán, junto con el Ministro de Relaciones Exteriores Hossein Amir-Abdollahian.
Los medios estatales confirmaron que fallecieron después de que el helicóptero en el que viajaban se estrellara el domingo.
El Ayatollah Khamenei expresó sus condolencias «al querido pueblo de Irán».
El Sr. Raisi, de 63 años, había sido señalado como un posible sucesor del líder supremo.
El Vicepresidente Mohammad Mokhber ha sido designado para asumir funciones interinas tras la muerte del presidente.
El Sr. Mokhber trabajará con los jefes de la legislatura y el poder judicial de Irán para preparar una elección presidencial dentro de 50 días, un período de tiempo establecido en la constitución de Irán para reemplazar a un presidente que fallece en el cargo.
El gabinete de Irán también ha designado al viceministro de Relaciones Exteriores, Ali Bagheri Kani, como ministro de Relaciones Exteriores interino.
Inicialmente se informó que el helicóptero que transportaba a los hombres y su comitiva había realizado un aterrizaje forzoso en condiciones de niebla.
El área donde cayó la aeronave está cerca de la frontera con Azerbaiyán, donde el Sr. Raisi se había reunido con el Presidente Ilham Aliyev.
Según los medios locales, estaba allí para inaugurar las represas Qiz Qalasi y Khodaafarin.
El lunes, la Media Luna Roja iraní confirmó que los cuerpos del presidente y otros fallecidos en el accidente habían sido recuperados y las operaciones de búsqueda habían concluido.
«Estamos en el proceso de trasladar los cuerpos de los mártires a Tabriz [en el noroeste de Irán]», dijo el jefe de la organización en la televisión estatal.
El medio de noticias iraní Tasnim, que está afiliado al Cuerpo de la Guardia Revolucionaria Islámica del país, informó que el funeral del Presidente Ebrahim Raisi se llevará a cabo el martes en Tabriz.
El Sr. Raisi, de 63 años, era un clérigo de línea dura y su elección como presidente en 2021 consolidó el control de los conservadores sobre todas las partes de la República Islámica.
En una declaración tras su fallecimiento, el gobierno iraní dijo que seguiría operando «sin interrupciones».
Varios países han expresado sus condolencias tras el fallecimiento del Presidente Raisi.
El Primer Ministro de Pakistán, Shehbaz Sharif, anunció un día nacional de duelo y describió al Sr. Raisi y al Sr. Amir-Abdollahian como «buenos amigos de Irán».
Escribiendo en las redes sociales, el Primer Ministro de India, Narendra Modi, dijo estar «profundamente entristecido y conmocionado» por los fallecimientos.
El Presidente de Turquía, Recep Tayyip Erdogan, dijo que su gobierno estaba «en pleno contacto y coordinación con las autoridades iraníes» y estaba listo para «proporcionar cualquier apoyo necesario».
El Ministro de Relaciones Exteriores de Rusia, Sergei Lavrov, expresó sus condolencias y dijo que el presidente y el ministro de relaciones exteriores eran «verdaderos y confiables amigos de nuestro país», mientras que el Presidente de China, Xi Jinping, dijo que el Sr. Raisi había contribuido a la seguridad y estabilidad de Irán.
La UE expresó el lunes sus «sinceras condolencias» y el Presidente del Consejo Europeo, Charles Michel, dijo que «nuestros pensamientos están con las familias».
Hamas elogió el apoyo del Sr. Raisi al grupo palestino, mientras que el movimiento Hezbollah, respaldado por Teherán en el Líbano, dijo que estaba de luto por el fallecimiento de su protector.